當天下午，中國外交部向日本政府和海軍部發出抗議，強烈譴責日本當局派軍艦公然進入中國領海，並打死、打傷、非法扣留中國公民，對中華帝國的國家尊嚴構成了嚴重挑釁，限令日本政府：一、無條件釋放被扣留的中國公民。二、嚴懲肇事兇手。三，賠償中國死傷者家屬損失（具體數額待定）。以上三款限令日本政府48小時內作出答覆，否則中國政府將採取一切有力的必要措施挽回損失。
這一紙抗議書如一顆重磅炸彈一般投向了日本外務省，外務大臣加藤高明接到消息後，如坐鍼氈，鳥港事件表面上是一次偶然衝突，但是它就如同一滴小小的王水，讓本就暗流涌動的中日關係出現漩渦，畢竟對方是強大的中華帝國，在日本尚未強大起來的時候，天知道紫禁城高高在上的光緒皇帝頭腦一熱會做出什麼樣的決定，但即使是一個不成熟的決定，都有可能對整個日本帶來毀滅性的影響。
加藤高明越想越是害怕，拿着中國外交部的抗議書來見明治天皇。
此時，明治天皇正在位於東京中心地區的皇宮正殿“鬆之閣”裡，與海軍部的大臣們商議國事，話題的中心就是這次鳥港事件。加藤高明帶來的消息給明治的壞心情又籠罩了一層陰影。
“這一次事件完全是海軍部的失誤，你們應當爲這次事件產生的一系列後果負全部責任！”明治毫不留情的訓斥道。
日本海軍軍令部長伊東佑亨面色鐵青，顯然對於天皇的問責心懷不滿，但還是不停的點頭道：“嗨！”
天皇越說越是生氣：“我原本對你們交代的計劃是什麼，難道你們都忘記了嗎？我讓你們先行到中日有爭議的海域進行試探性的挑釁，然後觀察中國方面的反應，這是整個大日本帝國的國家戰略，日本要發展，就必須西進，然而中國永遠都是日本發展的最大的絆腳石。但是不得不承認以我國目前的實力，根本無法與強大的中國進行對抗，所以只能進行試探。中國正在忙於東方援助計劃，他們的目光始終都在歐洲，對於腳下的那幾座海島不會抱有太大的重視，大日本海計劃就是要從秘密侵佔東海和南海的海島開始，把我們的海上防禦線向西擴展。本來這是一個非常完美的計劃，可是你們呢，你們的海軍士兵竟然敢打死打傷幾十個中國人，還把剩餘的中國船員全部拘禁了，你們是想給中國第二次侵略日本製造藉口嗎？混蛋！上天也不會饒恕你們的愚蠢行爲！”
明治氣的五內俱焚，不停的罵着海軍部的這些高官們。伊東佑亨等了一會兒，咬了咬牙說道：“陛下，既然現在事情已經發展到了這種地步，我們懼怕是沒有用的，帝國海軍已經做好了一切準備。隨時爲天皇效忠。”
嘩的一聲，明治一把把眼前的木幾掀翻在地，茶水潑灑了一地，他霍然站起身來，指着伊東佑亨說道：“虧你還是帝國海軍部長，打算和中國開戰之前你應該先看看我國的海軍實力，就憑你現有的那幾艘軍艦有什麼能力和強大的中國海軍對抗，你難道忘了嗎？中國海軍即使是在實力不濟的情況下還打敗了當時世界上最強大的英國遠東艦隊，之後又令亞洲第一的俄國遠東艦隊全軍覆沒，何況人家現在有中華級、無畏級、定遠級等這些超級戰艦，還有世界上唯一一支潛艇部隊，我們的那些軍艦大部分還是在世界大戰之前從歐洲購買來了，論火力、論性能、論數量都無法和中國戰艦相提並論，我真不知道你們這些海軍部的官員腦子裡都在想些什麼！”
整個鬆之閣內，除了明治的喝罵聲，再也沒有別的聲音了，在場的高級官員們都噤若寒蟬，甚至不敢發出一點兒聲響，在他們的心目中，天皇陛下一向都是一位優雅的紳士君主，從來沒有見過他能發這麼大的脾氣。
伊東佑亨雖然嘴上不敢說什麼，但是滿腹的牢騷，認爲天皇實在是過於畏懼中國人了，當年中國人能夠在實力不濟的時候打敗英國艦隊，那麼日本爲什麼就不可能打敗中國的海上力量呢，他決心有機會一定要親自向天皇陛下做出證明。
正在這時，海軍部的一名高級參謀官悄悄來到伊東佑亨身邊，小聲的對他說了幾句話，伊東佑亨一聽登時臉色大變，他輕輕來到餘怒未消的天皇面前，小聲的把剛纔得到的消息一五一十向天皇做了稟報，明治越聽越是心驚，到最後簡直都不敢相信伊東佑亨說的都是真的，在這短短的一分鐘之內，他的所有憤怒全都消泯的無影無蹤，只是無力的擺了擺手。伊東佑亨不知道這代表着什麼意思，正驚疑之間，明治最狂暴的聲音吼道：“快從我的眼前滾開，這件事你要是處理不好，就去見天照大神吧！”
自從鳥港事件發生以後，嗅覺靈敏的國內媒體每天把外交部圍得水泄不通，後來也不知道是從哪裡得到的消息，先是北京早報以頭版頭條的方式刊發了一篇報道，題目就叫“日本軍艦悍然侵入中國領海，血腥屠殺中國漁民！”這一則消息一經刊發，迅速在全國引起了軒然大波，緊接着申報，松江晚報，廣州晚報，盛京時報等媒體紛紛轉載了這則報道。日本海軍侵入中國的消息如狂風暴雨一般，以不可阻擋之勢迅速席捲了全國，各地的學校、工商業者聯盟等等紛紛自發的組織起羣衆性的示威遊行，抗議日本的暴行，強烈要求政府嚴懲日本，甚至在軍隊尤其是海軍中影響更大，許多基層軍官紛紛向海軍部致信，要求軍部對日本人採取果斷措施。
對於普通民衆的強烈反應，關續清內心是支持的，這是一次凝聚民族精神，激發愛國熱情的機會，只不過他命令各地駐軍和政府治安人員要維持好地方正常的社會秩序，決不能因此而發生大規模的騷亂事件。但是對於海軍中的情緒波動，他則有點兒擔心，他擔心海軍中會有人做出一些不冷靜的舉動，從而影響全盤計劃。爲此，他多次召見劉步蟾和林建章，一再申明還控制好海軍軍官的情緒，嚴防發生意外情況。
然而，關續清的擔心絕對不是多餘的，僅僅在鳥港事件發生兩天之後，帝國海軍就出事了。
事情是在四月二十一日晨發生的。從威海出發的一直海軍艦艇編隊，在經過小半天的航行後，到達長崎港，一艘魚雷艇不知道是按捺不住怒火還是受了艦隊高層的指使，闖入港內示威，扯出一條條幅上書四個血紅大字“血債血償”。艇上的37炮還對着港內的一些軍艦進行了警告性射擊。
日本人雖然懾於港外大型艦隊的威懾，但還是派出兩艘巡洋艦對這條北丙號魚雷艇進行驅離，不過始終是沒有開火。只是依靠自身的大噸位和速度與魚雷艇進行遊鬥。
得到消息後，伊東佑亨馬上從皇宮回到了海軍部。爲此，他就近派出了扶桑艦和千代田號前往長崎港進行支援。他非常清楚日本如今的困境，中國人是蓄意來挑釁的，如果一個處理不好，很有可能便會給目前自己手頭這支大日本帝國的海軍全部家當帶來滅頂之災。作爲海軍中新晉的當家人，要不是這次鳥港事件，曾經很得天皇的器重，說他代表着大日本海軍未來的希望。面對看上去一帆風順的仕途，伊東不能不爲自己，爲大日本帝國海軍小心謹慎一些。
他給軍港內的警備艦隊發去的電令是不墮國家尊嚴，但是也不主動滋事。所以儘管中國的魚雷艇北丙號放肆的主動開火，但是扶桑艦和千代田艦始終沒有開火還擊，是企圖用大噸位來將魚雷艇*出軍港。
然而過了不一會兒的功夫，這支艦隊竟然全部離開了長崎港外海面，轉而向南而去，岸上的偵查報告不住的傳回到東京海軍總部伊東佑亨耳朵那裡。
他們主動撤離了？中國人到底想幹什麼？
緊接着，電報有說：敵艦開始轉向東方。
伊東佑亨的腦袋一下子炸了。中國人將一艘魚雷艇留在了軍港內，而大規模艦隊集羣卻繞過九州島而後直向東方而去，東方……不就是東京嗎？
作爲帝國海軍部長，如果放由敵方艦隊通過佐世保港的防區而直達東京灣，萬一發生任何事變，那麼他伊東佑亨縱百死亦無可贖罪了。
傳令繼續觀察之後，伊東佑亨命令所有艦隻拋開中國北丙號魚雷艇，全速出港，向那支中國艦隊追擊。
沒過多久，一件意想不到的事情發生了。面對這艘討厭的魚雷艇，扶桑號的老艦長新井有貴卻犯了急火攻心的毛病，剛剛從法國地中海船廠交付鬆島號上傳來的旗語表明，艦隊即刻要做好戰鬥準備，保衛東京，但是眼前這艘小小的魚雷艇卻利用艇小速度快的優勢，迅速的突破了兩條巡洋艦的防護圈，衝進港中。因爲艦隊即將出發作戰，此時如果放這艘魚雷艇入港，後果不堪設想。而且，此時不打，待到小艇進入艦羣，投鼠忌器之下，更加無法打擊。