軍隊的改革不可能一蹴而就，大量的時間消耗在整編換防上，因爲擴編的人數達到了一倍，也爲了保障軍隊的戰鬥力不至於因爲擴編下降。
擴編的軍隊都是採用一分爲二的辦法，然後再從有作戰經驗的民兵中招募，這樣既保證了軍隊的戰鬥力不會下降的厲害，又能保證新兵的素質，很快的適應戰場的需要。
大規模調動軍隊，在古代不僅是一門藝術，而且隱藏着巨大的風險，尤其是在遼東半島戰事剛剛平息之時，契丹痕德廑可汗因爲慘敗、舍利王子被俘惱羞成怒，誰也不知道契丹會不會在這個時候對遼東半島發動新一輪進攻。
安市州的軍隊能不能就不動，其他地方的軍隊能少動就少動，本着動靜越小越好的原則，軍隊的換防減到最小，招募的新兵也都是當地的民兵。取消新兵入伍之前，都要到新兵訓練營進行訓練的規定，同時團以上的軍官也都在原來軍隊中提拔，沒有采用本地提拔，異地當官的辦法，就是爲了儘快的穩定遼東半島目前的緊張形勢。
與軍隊改革同時進行的還有遼東半島行政改革，改革的重點有兩個方面，一是遼東半島的行政區域的重新劃分，二是王府內部的官僚架構建立。這兩點中，建立王府官僚架構看似容易，實則難度最大，利益也最難平衡，需要顧及到方方面面的訴求。
相對而言，重新劃分行政管轄區域，看似工作難度最大，但是因爲不會涉及到太多人的利益，處理起來反而顯得容易推行。
對於新的行政區域劃分，李燁徵求了許多人的意見，有人認爲應該將相鄰的縣鎮合併爲州，也有人認爲應該以地理界線爲標準劃分州縣，更有人認爲應該以經濟和人口作爲標準劃分州縣，雖然意見衆多，但是表現出來的熱情卻是不高，反而對劃分後的刺史和縣令提出了不少建議。
李燁知道這是周圍人在等着分享權力的果實，不管這麼說，他們的意見終歸是意見，是否採納還取決於李燁自己。
很快，李燁就公佈了一份行政區域劃分計劃：設立連州、行州、青川州、平壤州、安市州、夷洲六州。
連州治所設在大連城，下轄：都裡縣、長海縣、卑沙城、積利城、石城和復縣，都裡縣是以前的都裡鎮，長海縣是以前的六島十二寨，積利州也被拆分變成了積利縣，復縣是以前的復州鎮，因爲地廣人稀可以作爲以後的移民點。
行州治所設在大連城，下轄：泊汋城、孤山城、鴨綠縣和井口縣，鴨綠縣和井口縣爲新設縣衙，主要爲了方便行州的管理。
清川州治所設在清川江城，下轄：平城、新安縣，是遼東半島最重要的糧食產地之一。
安市州治所設在安市城，下轄南樓縣、營口縣、建安城和瓦口縣，營口縣在安市城以西八十里處，當年隋唐遠征高句麗的時候就已經存在，後來漸漸的廢棄了，重建營口縣的主要目的是爲了防禦契丹。
夷洲治所設在沙鹿縣，下轄淡水縣和澎湖列島，其他的地方還在開發中，以後夷洲會成爲遼東半島面積最大、管轄範圍最廣的州縣。
平壤州治所設在平壤城，下轄：大同江城和順安縣，同時兼管濟州島、東澤島、佐渡島和五島列島。
五島列島是嚴力前往倭國時發現的，當時嚴力還以爲自己已經到了倭國，上島一看只發現了幾百個土人，哪有什麼倭人的影子。按照李燁的一貫政策，只要發現無人島嶼，便在島上豎碑，宣稱李燁的主權和統治。如今島上雖然還沒有人居住，但是卻已經在李燁的統治之下，自然要將五島列島劃爲自己的管轄範圍之內。
說起五島列島，就不得不說到明朝的統治，明朝大概是中國歷史上最糟糕的朝代（它糟糕統治的惡劣後果至今還影響着今天我們這一代中國人）。這位卑賤和尚出身的皇帝，感到他天下得來不易，以一種極其陰暗、保守、封閉、偏狹的心理來保住他的天下，大殺開國功臣、用朱熹的道學來鉗制人們的思想，重農輕商，特別是實施嚴格的海禁，使蓬勃發展的海運和海外貿易受到致命的打擊。海禁不僅影響了數萬海商的生意，由於這些海商幾代人都從事航海在陸地上沒有寸土根底，海禁甚至斷絕了海商的生計。
王直是當時最著名的一個海上貿易巨頭、船主，他早年在廣東一帶做海上貿易發了大財。明嘉靖十九年（1540年）起以舟山羣島的雙嶼島爲基地進行海上貿易，擁有一支龐大的船隊。
雙嶼島那時熱鬧極了，曾被歷史學家稱爲“十六世紀的上海”。但針對海上貿易的蓬勃發展，明朝進一步收緊海禁，橫嶼島被官兵掃蕩一空。這個王直還是很有謀略的，他居然率部佔領了日本九州西南端的由福江、巖鬆、九賀、奈留、中通等島組成的五島列島自封爲“徽王”（日本典籍中稱爲“五峰船王”），周圍三十六個島都在他管轄下。日本文獻中，對這事也有記載。稱王直爲“五峰船主”。
王直雖然在五島列島建立了一個小獨立王國。但他仍上書明朝官府，願意接受朝廷招安。條件只是開放海禁、允許對外通商貿易，他本人只要求當一個管理貿易的小官。但是昏庸愚蠢的明朝朝廷拒絕了這一建議，明朝廷認定，海禁是明太祖定下的既定方針，決不能改變，按今天習慣的說法堅持不堅持海禁是個原則問題，是個“路線”問題。朝廷不肯開放海禁，王直等無奈只好死心塌地武裝走私，搶劫奪掠，正式當起海盜。
這種事如果發生在當時的歐洲，王直遭遇到的肯定是另一種命運。歐洲英法西葡等國的君主遇到這種事，肯定喜出望外，會馬上給他封官封侯，然後把這塊領土併入自己帝國的版圖內。想想看吧，假如現在日本九州長崎口子上的五島羣島是中國的領土，那將是一個什麼樣的局面，恐怕中國近五百年的歷史都得改寫。
就以與嘉靖、萬曆同時期的英國伊利莎白一世女皇（1558-1603在位）爲例。熟悉地理的人都知道在南美洲南端有個德雷克海峽，這是大西洋和太平洋之間的通道。但是這位海峽的冠名者德雷克，原來是個海盜。伊莉莎白一世不但不打壓這些海盜，反而支持他、指使他去搶劫西班牙的船隻和殖民地。然後支持他於1578-1580年完成從英國橫渡大西洋、太平洋和印度洋回到英國，成爲繞地球一圈的第一個英國人。船隻到達倫敦後，女皇親自登船慰問並授予他爵士頭銜。德雷克沒有辜負女皇的恩典，在1588年英國海軍與西班牙無敵艦隊的戰鬥中，他任英國艦隊副司令，身先士卒，把無敵艦隊打得落花流水。奠定了日後英帝國成爲日不落帝國的基礎。
爲什麼對同樣都是海盜，中國和英國的差別就能差那麼遠呢？中國和西方的態度會截然相反。這裡有個深層次的文化差異的因素。中國根深蒂固的大陸文化、重農主義，把任何海洋文化、重商主義思想扼殺殆盡，李燁當然不會讓這種事情在自己手中發生。
雖然也有很多人，對於李燁熱衷佔領島嶼的做法很不理解，甚至認爲李燁這是勞命傷財，把百姓運往如此遙遠的島嶼上居住，以後應該如何管理都成問題。
但是很快李燁的做法就讓這些人大跌眼鏡，當年六島十二寨投靠遼東半島的時候，也有人勸說李燁，應該將六島十二寨放棄，島上的居民全部遷回遼東半島。
結果，李燁做出了一個出人意料的舉動，將長海縣其中的兩個島嶼拿出來拍賣，購買島嶼的人，可以在島上修建城堡，島上可以自備刀槍弓弩，而且李燁還附送他們四門火炮，美其名曰是防禦賊人和海盜，並且官府無權管理島上的事務，當然不包括反叛和謀殺罪，爲此李燁還專門編訂了一個島嶼使用條例，用來鼓勵和約束購買島嶼的人。
此項條例一處，商賈和富戶蜂涌前來購買長島縣的島嶼，兩座不足一平方公里的島嶼，被出價一千緡的高價買走。
李燁的目的在於讓所有人的目光從陸地轉移到海洋上，爲此李燁準備每年都拿出一些適合人居住的島嶼進行拍賣，而且還準備把一些島嶼作爲獎賞，封賞給有功之臣，也讓他們把目光投向大海的深處。
行政區域的劃分顯然在衆人的意料之中，至於多出來的幾個縣，原本以前也是鎮所，現在提升爲縣衙，並沒有引起衆人的反對，因爲所有人的目光都被吸引到後面的官吏選拔上面。
由於，李燁在遼東半島的管理早期，已經培養了大批的官吏，現在不過是進行重新權力劃分而已，本着官吏能少則少的原則，除了州府有一套完整的行政機構外，讓所有人大跌眼鏡的是，很多縣只有縣令一個官員，剩下的全部是所謂的國家公務人員。